Özellikle tanzimat sonrası dönemde, din eğitiminin modernleşme süreci ciddi problemlerle karşılaşmıştır. Geçmişteki skolastik/ezberci yaklaşım, İslâm dünyasının gerilemesine sebebiyet vermiştir. Medreseler, Batı bilim ve teknolojisi karşısında çağın ihtiyaçlarına cevap veremediği için yeni mektepler açılmış; bu arada pek çok ilim adamı, Akif'in deyimiyle dini, çağın idrakine sunma ihtiyacını duymuşlardır.
Ancak ne yazık ki, müspet ilim zihniyetinin Batı dünyasında sebep olduğu bir ilim-din çatışmasına tam anlamıyla engel olmak mümkün olmamıştır. Her ne kadar, müspet ilimlerle mücehhez bazı mektepler açılmışsa da, malesef zamanla program ve gayelerinden uzaklaşmış bir konuma düşmüşlerdir. Rönesans sonrası Batının teknik alanda ilerlemesine karşı ilgisiz kalışımız, kötü sonucu daha da hızlandırmıştır.
Modern fiziğin madde, enerji vb. hususlardaki açıklamaları, bu arada biyoloji alanındaki bazı gelişmeler, dini sahada bir takım problemleri gündeme taşımıştır. Bugün tıp, her insanın, genlerin özelliklerine göre bir program dahilinde yaşadığını ve yüklü olduğu genetik mirasla soyunun kaderini taşıdığını; buna bağlı olarak, belli kalıtsal özellikleri olan kişilerde belli hastalıklara daha sık rastlandığını tespit edebilmektedir. Bu arada, gen mimarisi yardımıyla belli genler değiştirilebiliyor. Artık istenmeyen özellikteki genler değiştirilerek reddi miras imkân dahilindedir. Bazı hastalıkların önceden tespiti ile ilgili belli tedbirler alınarak kişinin kaderine yön verilebilmektedir.
Günümüzde gerektiğinde bir bilim adamı, dini esasları akıl almaz olarak değerlendirebilmektedir. Bir fizikçi, laboratuvarda yaratıcı kudreti göremeyince onu inkâr edebilmektedir. Ancak bu inkâr, bilim adına ne derece doğrudur?!. Katı bir pozitivist yaklaşımla, yaratıcıyı fizik alanda görmeye çalışmak ne derece bilimsel olarak görülebilir!.. Binaenaleyh bilimle inancın, inançla aklın uyumunu ortaya koymak için bilim-felsefe-dinin saha ve sınırlarını yeniden masaya yatırmak durumundayız.